１９２９年１月，朱云卿率領(lǐng)紅三十一團(tuán)隨紅四軍主力進(jìn)軍贛南閩西，開辟新的革命根據(jù)地，在大柏地、長岺寨等重要戰(zhàn)斗中率部擔(dān)任主攻任務(wù)。同年３月，他調(diào)任紅四軍參謀長。同年年底，朱云卿參加古田會(huì)議，堅(jiān)定地支持毛澤東的正確意見。

１９３０年６月，朱云卿任紅一軍團(tuán)參謀長，８月，任紅一方面軍參謀長。１９３０年底，在中央革命根據(jù)地第一次反“圍剿”的龍岡戰(zhàn)斗中，朱云卿協(xié)助毛澤東、朱德制定計(jì)劃，部署部隊(duì)，指揮作戰(zhàn)，對(duì)全殲張輝瓚師、取得第一次反“圍剿”的勝利起了重要作用，毛澤東稱贊他為“得力助手”。

１９３１年春，朱云卿因勞累患重病住進(jìn)江西省吉安縣東固醫(yī)院治療，５月２２日，在醫(yī)院被國民黨軍殺害，年僅２４歲。

１９８３年，朱云卿被中共中央軍委列入１９３位對(duì)中國革命做出杰出貢獻(xiàn)的軍事人物之一，載入《中國大百科全書·軍事》卷。朱云卿故居于１９８７年１１月被梅縣人民政府定為縣級(jí)重點(diǎn)文物保護(hù)單位。２０１２年，朱云卿故居被重新公布為梅江區(qū)文物保護(hù)單位。