蔣經(jīng)國(guó)媳婦方智怡曾表示，其夫蔣孝勇在生前向她透露，蔣經(jīng)國(guó)在晚年時(shí)，很后悔用了李登輝。

李登輝的“臺(tái)獨(dú)”言論的逐漸暴露。據(jù)中新社報(bào)道，執(zhí)政初期，他信誓旦旦地要堅(jiān)持“一個(gè)中國(guó)”，但在1991年，他主導(dǎo)出臺(tái)了“國(guó)統(tǒng)綱領(lǐng)”，其中包含兩岸是“對(duì)等政治實(shí)體”。

1993年，他出臺(tái)了“階段性兩個(gè)中國(guó)”言論，并推動(dòng)臺(tái)灣“重返聯(lián)合國(guó)”。1994年，臺(tái)“陸委會(huì)”又拋出“臺(tái)海兩岸關(guān)系說(shuō)明書”，稱“一個(gè)中國(guó)”是歷史的、地理的、血緣的中國(guó)，政治上的一個(gè)中國(guó)并不存在，又稱兩岸是“對(duì)等政治實(shí)體”，并將“政治實(shí)體”解釋為可指國(guó)家。同年，李登輝又授意“修憲”，將“總統(tǒng)”改為直選，并實(shí)現(xiàn)政權(quán)的“臺(tái)灣本土化”。

1996年，李登輝出臺(tái)“戒急用忍”政策，限制兩岸關(guān)系進(jìn)一步發(fā)展。次年，臺(tái)“行政院新聞局”發(fā)表《透視“一個(gè)中國(guó)”問(wèn)題》說(shuō)帖，稱“一個(gè)中國(guó)”是“口頭吞并”臺(tái)灣，因此不能再講“一個(gè)中國(guó)”，而只能講“一個(gè)分治的中國(guó)”。李登輝還于同年推動(dòng)通過(guò)“精省”方案，為行政區(qū)劃的“臺(tái)灣化”拉開(kāi)了序幕。此后，又以修改法律的形式將臺(tái)灣“領(lǐng)?！贝_定在臺(tái)澎金馬及其附屬的島嶼。

1999年，李登輝先是出版《臺(tái)灣的主張》一書，主張要將中國(guó)分成七塊，七月他又對(duì)德國(guó)媒體發(fā)表了一段令世界震驚的談話，公開(kāi)宣稱兩岸是“兩個(gè)國(guó)家，至少是特殊的國(guó)與國(guó)關(guān)系”，“兩國(guó)論”推出，其分裂中國(guó)的圖謀徹底暴露。

2000年3月24日，由于國(guó)民黨在選戰(zhàn)中敗給民進(jìn)黨的陳水扁，迫于黨內(nèi)的巨大壓力，李登輝上午宣布辭去國(guó)民黨主席職務(wù)，由連戰(zhàn)接任。但是，李登輝的“臺(tái)獨(dú)”、“媚日”行為并未因此告終。