與首次逮捕令執(zhí)行相似，對尹錫悅的第二次逮捕也持續(xù)了超過5個小時，但結(jié)果卻截然不同。1月15日10時33分，尹錫悅被捕，鏡頭記錄下他抵達韓國公調(diào)處下車的畫面。接下來，他在公調(diào)處的錄像調(diào)查室內(nèi)接受調(diào)查，面對一份超過200頁的調(diào)查問卷。公調(diào)處表示，沒有給尹錫悅留出與長官會面的時間。

這48小時將成為關(guān)鍵。公調(diào)處需要在逮捕尹錫悅后的48小時內(nèi)申請拘留令，將拘留時限延長至最高20天。有專家表示，這48小時可能不會順利，事實上，在調(diào)查開始的前兩個半小時內(nèi)，尹錫悅確實一直拒絕配合。過去他常以拖延策略應(yīng)對不利情況，這次可能也有預(yù)判情勢不利。內(nèi)亂罪最高可判死刑，但尹錫悅?cè)杂修q解的空間。

1月15日凌晨，韓國公調(diào)處和警方人員抵達總統(tǒng)官邸，再次執(zhí)行對尹錫悅的逮捕令。當(dāng)天有1200余名警察和40余名公調(diào)處調(diào)查人員參與。與第一次執(zhí)行逮捕令時的艱難情況不同，此次調(diào)查人員較為順利地突破三道防線進入總統(tǒng)官邸。發(fā)言人稱“總統(tǒng)警衛(wèi)處沒有人員主動阻攔逮捕令執(zhí)行，今天幾乎沒有發(fā)生肢體沖突”。

這與前一天（14日）總統(tǒng)安全部門的發(fā)言有所相悖，當(dāng)時聲明指出未經(jīng)事先批準強行進入總統(tǒng)官邸的行為屬于違法行為。分析認為，這意味著總統(tǒng)警衛(wèi)處實際上拒絕配合公調(diào)處和警方重新執(zhí)行逮捕令。專家指出，近日總統(tǒng)警衛(wèi)處處長樸鐘俊到案接受調(diào)查并辭職，實際上警衛(wèi)處的執(zhí)行人員處在“群龍無首”的狀態(tài)中，今天的逮捕較為順利或許與此有關(guān)。

從公調(diào)處之前的準備來看，他們表露出了好像這次逮捕就是最后一次的決心，在分化保護尹錫悅的力量上做了充分的工作。對總統(tǒng)警衛(wèi)處的強硬態(tài)度也一定程度上動搖了警衛(wèi)員抵制的決心，從這個角度上看，尹錫悅最終被逮捕的可能性很高。

被逮捕的消息傳出后，尹錫悅發(fā)表對民眾講話。視頻講話發(fā)布迅速，引發(fā)了是否提前錄制的討論。在《致國民的一封信》中，尹錫悅表示整個逮捕行動都是非法的，決定去公調(diào)處是為了避免流血事件。作為必須保護韓國法律制度的總統(tǒng)，他對公調(diào)處非法且無效的程序作出反應(yīng)，并不是承認其合理性?，F(xiàn)在是法律崩潰的黑暗時代，但國家的未來仍然充滿希望。他重復(fù)了兩次“為避免流血事件”的說法。

1月15日11時，對尹錫悅的調(diào)查正式開始。據(jù)當(dāng)?shù)孛襟w報道，尹錫悅抵達公調(diào)處辦公室后將在調(diào)查室前配有沙發(fā)的休息區(qū)等候，公調(diào)處次長將向他說明調(diào)查日程和方式。公調(diào)處為此次調(diào)查升級了錄像調(diào)查室內(nèi)的設(shè)施。調(diào)查室面積大約6.6平方米，與對一般嫌疑人進行調(diào)查的場所相似。公調(diào)處還表示，沒有給尹錫悅留出與長官會面的時間。

尹錫悅雖然被捕，但公調(diào)處實際只是以他存在“內(nèi)亂罪頭目嫌疑”等情況開啟調(diào)查。逮捕是為了讓尹錫悅配合調(diào)查問詢。如果48小時后沒有任何成果，公調(diào)處只能放走尹錫悅。但如果這期間獲得了一定的證據(jù)，就可以申請拘留令，最長可拘留尹錫悅20天。然而，尹錫悅方并非沒有優(yōu)勢，檢察官出身的他過去曾參與對前總統(tǒng)樸槿惠和李明博的調(diào)查，對現(xiàn)在的情況擁有相當(dāng)?shù)慕?jīng)驗。預(yù)計這次調(diào)查問詢不會太順利，很可能尹錫悅不會說出什么真正重要的話，因為他太清楚其中的關(guān)節(jié)，而且他還有一個強大的律師團。

事實上，在調(diào)查開始的前兩個半小時內(nèi)，尹錫悅確實一直拒絕配合。15日，韓國公調(diào)處表示，在當(dāng)天11時至13時30分的調(diào)查中，尹錫悅始終拒絕陳述，并且拒絕就偵訊過程錄音錄像。

尹錫悅是以存在“內(nèi)亂罪頭目的嫌疑”等情況受到調(diào)查的。韓國總統(tǒng)只有在內(nèi)亂罪和外患罪這兩個罪名上是沒有豁免權(quán)的，在任期間仍面臨被起訴的可能。內(nèi)亂罪最高可判處死刑或無期徒刑。執(zhí)法機構(gòu)此前對參與“戒嚴鬧劇”的其他人物的訴狀證明，他們參與內(nèi)亂的罪名成立，現(xiàn)在只剩下對身為“頭目”的尹錫悅的調(diào)查和起訴。從這個角度來看，若其他人員提供的證據(jù)都直指尹錫悅，而尹錫悅個人否認這些證據(jù)，未必能夠成功。他認為，尹錫悅最終被以內(nèi)亂罪定罪的可能性很大。

目前公調(diào)處掌握的證據(jù)大多是其他人員的供詞，沒有直接來自尹錫悅的第一手證據(jù)。如果此次調(diào)查中公調(diào)處能拿到第一手證據(jù)，對于后續(xù)彈劾案的審判也有一定的推動作用，對憲法法院的法官的最終決定會產(chǎn)生威懾力量。由于韓國對內(nèi)亂罪的調(diào)查經(jīng)驗主要來自多年前的前總統(tǒng)全斗煥，在實操層面上，許多規(guī)定并不詳盡，這就給了尹錫悅“法斗”的灰色地帶。因此在調(diào)查階段來看，情況也是不容樂觀的，雙方都掌握了一定的優(yōu)勢。