１９２１年５月，鄧仲元任廣州軍政府第一師師長兼總司令部參謀長。同年夏，擊潰犯粵的沈殿英、劉震寰部。接著，他積極支持孫中山北伐，擔任后方籌餉械的任務。

１９２２年３月２１日，鄧仲元親赴香港接其老師周善培來廣州，傍晚抵達大沙頭廣九車站時被人暗殺，經搶救無效于２３日去世，終年３６歲。

孫中山痛失良將，追授鄧仲元“陸軍上將”，安葬于廣州黃花崗。孫中山親題“鄧仲元先生之墓”墓碑，胡漢民撰寫“陸軍上將鄧仲元墓表”。１９２９年７月２４日國民政府令擬照上將陣亡例給恤。

廣東仲元中學始創(chuàng)于１９３４年，是專為紀念鄧仲元將軍所創(chuàng)辦。該校歷來重視繼承與發(fā)揚仲元精神，每年清明時節(jié)，仲元中學都組織全體高一年級１０００多名學生，到黃花崗烈士陵園開展祭奠活動，向革命烈士敬獻花圈，鞠躬致意、默哀悼念。仲元中學校長譚小華說，吊念先烈，可以讓學生更好地銘記革命事跡，學習七十二烈士及鄧仲元將軍勇于斗爭、剛正不阿的愛國主義精神。

據悉，為更好地銘記鄧仲元將軍的歷史故事，廣東仲元中學藝術科組以歷史劇為載體，正積極籌備編排歷史劇《仲元之光，那年那月的仲元人》，預計于５月面向全校師生及大眾公演。（完）