如果說(shuō)徐達(dá)下令建城是第一次大規(guī)模修筑通州城，那么從正統(tǒng)十四年(1449年)到景泰元年(1450年)，為應(yīng)對(duì)戰(zhàn)亂而倉(cāng)促修建的新城則是第二次修筑通州城。

由于明朝正統(tǒng)年間修建的通州新城是在緊急情況下進(jìn)行的，新城城墻不及舊城一半高。于是，到了正德六年(1511年)，在巡撫都御史李貢的主持下，開(kāi)始了對(duì)通州城的第三次修筑。

通過(guò)三次修筑，通州城規(guī)模更加龐大。而此后的重修通惠河，更是提高了通州在漕運(yùn)中的地位，使通州更加繁華。

元代郭守敬開(kāi)鑿的通惠河，到了元末明初，由于戰(zhàn)亂和自然災(zāi)害，日漸荒廢，鑒于此，巡按直隸監(jiān)察御史吳仲向嘉靖皇帝建議重修通惠河。疏浚工程于嘉靖七年(1528年)二月四日開(kāi)工，五月二十二日竣工，歷時(shí)三個(gè)多月。重修后的通惠河在通州境內(nèi)沒(méi)有沿用元代的河道，而是利用了金代閘河故道，至通州城北匯入北運(yùn)河。自此，通惠河河口由張家灣移到通州城的東北。

通州新舊城的合二為一，則是在清代。乾隆三十年(1765年)，總督方觀承請(qǐng)朝廷重修通州城，拆掉舊城的西墻，將新城和舊城合二為一。

在歷史的故紙堆里，看到了一份繪制于清光緒九年(1883年)的通州城池圖。圖中的通州依水而建，以北運(yùn)河、減水河為主的河流圍繞在古城四周，古城四周建有城墻，城內(nèi)建筑帶有濃重的漕運(yùn)風(fēng)格，眾多的衙門(mén)均與漕運(yùn)有關(guān)。城北有高聳入云的燃燈塔，正如清代詩(shī)人王維珍所描繪的：“云光水色運(yùn)河秋，滿徑槐花感舊游，無(wú)恙蒲帆新雨后，一支塔影認(rèn)通州。”至此，明清通州城形制最終被固定下來(lái)。

從通州城的變化可以看出，明清通州城的修建和完善與保護(hù)通州糧倉(cāng)有直接關(guān)系，也可以說(shuō)通州因大運(yùn)河而得名，通州城也因漕運(yùn)而興盛。過(guò)去，通州地區(qū)流傳這樣的民謠：“通州城，好大的船，燃燈寶塔做桅桿。鐘鼓樓的艙，玉帶河的纜，鐵錨落在張家灣”。