克拉瑪依市艾里克湖是自治區(qū)2015年批準(zhǔn)的生態(tài)環(huán)境保護(hù)試點(diǎn)湖泊，但列入試點(diǎn)的治理工程進(jìn)度滯后，底泥疏浚、圍欄禁牧等9個(gè)項(xiàng)目至今尚未下達(dá)資金，嚴(yán)重影響水質(zhì)改善。在入湖水量增加近1倍的情況下，湖泊水質(zhì)仍由2014年Ⅴ類下降為2016年劣Ⅴ類。巴州博斯騰湖列入國家良好湖泊生態(tài)保護(hù)試點(diǎn)，但相關(guān)治理項(xiàng)目進(jìn)展緩慢，博湖縣、大河口景區(qū)等污水處理廠或超標(biāo)排放或不正常運(yùn)行，湖泊水質(zhì)沒有達(dá)到預(yù)期治理目標(biāo)。烏魯木齊市柴窩堡湖周邊長期超采地下水，嚴(yán)重影響湖泊補(bǔ)水，導(dǎo)致湖面面積大幅度縮小。

2017年8月31日，中央第八環(huán)境保護(hù)督察組現(xiàn)場檢查發(fā)現(xiàn)，烏魯木齊市部分污水處理廠非法傾倒污泥侵占破壞國家級公益林。圖為工作人員對污泥進(jìn)行現(xiàn)場取樣。環(huán)保部供圖

三是有的地方存在損害生態(tài)環(huán)境問題。2013年以來，博州國投公司參股博艾豐生物制品公司違規(guī)在艾比湖國家級自然保護(hù)區(qū)核心區(qū)開挖溝渠，捕撈鹵蟲，并取得分紅；博州水利局違規(guī)為博艾豐生物制品公司發(fā)放捕撈許可證，收取漁業(yè)資源增值保護(hù)費(fèi)。礦山環(huán)境恢復(fù)治理滯后，全區(qū)已閉坑的礦山和政策性關(guān)閉的小煤礦、砂石粘土礦等礦山破壞面積達(dá)到2165平方公里，截至目前僅完成治理面積3.77%。吐魯番市艾維爾溝、昌吉州硫磺溝等地濫采濫挖問題突出，生態(tài)恢復(fù)嚴(yán)重滯后。

另外，新疆水資源極其短缺，但對國家地下水禁采、限采要求落實(shí)不力。烏魯木齊市米東區(qū)2016年2月被劃定為地下水嚴(yán)重超采區(qū)，但截至2017年7月，米東區(qū)仍有91家工業(yè)企業(yè)的149眼自備水井開采地下水，大量抽取地下水導(dǎo)致該區(qū)域地下水位出現(xiàn)下降。巴州庫爾勒市建成區(qū)2014年9月被劃定為地下水禁采區(qū)后，到目前為止，禁采規(guī)定仍沒有落到實(shí)處，2016年地下水水位較2013年最大下降2.18米，對全市生態(tài)環(huán)境構(gòu)成較大威脅。