有批評者稱，新規(guī)有太多的豁免。比如一些轉(zhuǎn)基因原材料如果經(jīng)過了“高度加工”，最終產(chǎn)出的食品可由生產(chǎn)商自愿而非強(qiáng)制標(biāo)注。這意味著，一些從轉(zhuǎn)基因作物提取的成分可能被排除在轉(zhuǎn)基因食品之外，包括從轉(zhuǎn)基因甜菜提取的糖、用轉(zhuǎn)基因玉米生產(chǎn)的玉米糖漿、轉(zhuǎn)基因菜籽生產(chǎn)的油等。

美國致力于推廣有機(jī)農(nóng)業(yè)的組織“食品安全中心”認(rèn)為，5%這一閾值設(shè)得過高，這樣會有許多使用了轉(zhuǎn)基因原材料的食品免于標(biāo)注。該組織負(fù)責(zé)人安德魯·金布雷爾說，美農(nóng)業(yè)部背叛了公眾的信任，剝奪了他們對食品生產(chǎn)過程的知情權(quán)。

還有一些組織從消費(fèi)者權(quán)益的角度批評新規(guī)對消費(fèi)者仍“不夠友好”。比如，標(biāo)識文字沒有直接使用“轉(zhuǎn)基因食品”而用了“生物工程”，大多數(shù)消費(fèi)者對這一說法并不熟悉。

此外，有人指出標(biāo)識方式過于寬泛，尤其是掃碼查詢的方式給生產(chǎn)商提供了隱藏轉(zhuǎn)基因信息的機(jī)會，因?yàn)樵S多低收入人群沒有智能手機(jī)。

目前，主流科學(xué)界認(rèn)為市場上的轉(zhuǎn)基因食品可安全食用。比如，美國國家科學(xué)、工程和醫(yī)學(xué)學(xué)院2016年曾發(fā)布報(bào)告確認(rèn)，轉(zhuǎn)基因食品對健康無不利影響。