科學(xué)家發(fā)現(xiàn)230種海洋病毒 新工具揭示巨型病毒秘密。美國邁阿密大學(xué)羅森斯蒂爾海洋、大氣與地球科學(xué)學(xué)院的科學(xué)家開發(fā)了一種名為BEREN的創(chuàng)新性生物信息工具。該工具利用高性能計(jì)算機(jī),在海洋宏基因組數(shù)據(jù)集中識別出230種新型巨型病毒,并對其功能進(jìn)行了表征。研究成果發(fā)表于最新一期《NPJ病毒》期刊上。
巨型病毒在單細(xì)胞海洋生物,即原生生物的生存中發(fā)揮著重要作用。這些原生生物包括藻類、變形蟲和鞭毛蟲等,構(gòu)成了海洋食物網(wǎng)的基礎(chǔ)。由于它們是食物鏈的重要組成部分,一些大型DNA病毒可能會引發(fā)有害藻華暴發(fā),影響人類健康。
此前,因生物信息學(xué)流程局限,巨型病毒長期未被充分檢測。此次,團(tuán)隊(duì)開發(fā)的新工具BEREN能從龐大的公共DNA測序數(shù)據(jù)集中高效識別巨型病毒基因組。他們利用邁阿密大學(xué)的“飛馬座”超級計(jì)算機(jī)處理并組裝了大量宏基因組,重建了數(shù)百個微生物群落數(shù)據(jù)集。
研究還發(fā)現(xiàn),這些巨型病毒基因組中包含530種新功能性蛋白質(zhì),其中9種參與光合作用,表明這些病毒可能在感染過程中操縱宿主及其光合作用過程。
這項(xiàng)研究通過改進(jìn)現(xiàn)有工具,建立了檢測新型病毒的新框架,未來有助于檢測水道中的污染物和病原體。