抗戰(zhàn)勝利后，馬占山反對內戰(zhàn)，身居北平，稱病遲遲不赴東北就任東北保安副司令長官之職。1948年，馬占山拖著病軀積極奔走，與鄧寶珊將軍等人，力促傅作義及其部下接受中國共產黨和平解放北平的條件并宣布起義，為和平解放北平做出了重要貢獻。

1950年11月29日，馬占山病逝于北京，終年65歲。彌留之際，他給子女留下遺囑：“我親眼看見我中國在毛主席和共產黨之領導下，全國人民獲得解放，新民主主義已順利實行，人人安居樂業(yè)。我生平理想中之新型國家，已建立起來。我雖與世長離，但可安慰于九泉之下。我囑爾等務須遵照我的遺囑，在人民政府的英明領導下，誠心誠意去為新中國的建設努力奮斗到底，實事求是做事為人，不可稍懈?！?/p>