自60年代起，將腎病的治療與研究作為主攻方向，他研創(chuàng)的寧神靈、泌炎康顆粒、腎炎止血丸、腎炎消白顆粒、參地保腎膠囊、蘇黃瀉濁丸等新制劑被廣泛應(yīng)用于臨床。

他在科研工作中亦碩果累累，主持國家“七五”攻關(guān)課題及省部級課題10余項，獲省部級科技進步獎10余項。他共培養(yǎng)博士研究生40名，碩士研究生13名，博士后3名，學(xué)術(shù)繼承人12名。

張琪教授勤于總結(jié)之余，亦筆耕不輟，將自己的寶貴思想和經(jīng)驗毫無保留，見諸筆端，傳之于世，先后出版《脈學(xué)芻議》《臨床經(jīng)驗集》《張琪臨證經(jīng)驗薈要》《張琪臨床經(jīng)驗輯要》等著作8部，主審由其學(xué)術(shù)繼承人張佩青等整理編著的《中醫(yī)臨床家張琪》《張琪腎病醫(yī)案精選》及《國醫(yī)大師臨床經(jīng)驗實錄 張琪》《國醫(yī)大師臨床研究 張琪臨床醫(yī)學(xué)叢書》4部，在《砭石集》《中國名老中醫(yī)經(jīng)驗集萃》等書中亦有著述。尤其是《國醫(yī)大師臨床研究 張琪臨床醫(yī)學(xué)叢書》可謂張琪畢生學(xué)術(shù)思想集大成之作。

科技日報記者曾于2017年采訪過國醫(yī)大師張琪教授，他通過本報對傳承中醫(yī)的后繼人才提出殷切希望，中醫(yī)傳承須提升理論重視臨床。