到了13世紀(jì),德里蘇丹帝國時期,伊斯蘭教在印度如雨后春筍般出現(xiàn),蘇菲派傳教士在此時進(jìn)入克什米爾,伊斯蘭教逐漸傳播。隨著1339年,統(tǒng)治克什米爾地方的沙赫米爾王朝(Shah Mir Dynasty)建立,克什米爾開始進(jìn)入穆斯林統(tǒng)治時期,正是從此時開始,穆斯林逐漸成為了克什米爾地區(qū)的主要居民。
1526年,來自今天烏茲別克斯坦的突厥部落酋長巴布爾進(jìn)入北印度,建立了印度歷史上疆域最為廣袤的莫臥兒帝國(鼎盛時期,領(lǐng)土包括今天的印度、孟加拉國以及阿富汗大部)。在阿克巴大帝統(tǒng)治期間,克什米爾被納入莫臥爾帝國的疆域,但地方總督仍然有著較大的自主權(quán)。
隨著帝國連年征戰(zhàn),財政入不敷出,加上英國殖民者開始進(jìn)入印度,18世紀(jì)以后,莫臥兒帝國名存實亡,克什米爾的分離主義再次興起。克什米爾的總督先是向統(tǒng)治阿富汗的艾哈邁德·沙阿·杜蘭尼國王求救,后者出兵將克什米爾納入自己統(tǒng)治麾下。與此同時,旁遮普地區(qū)的錫克人勢力也開始逐漸壯大,在19世紀(jì)初期,錫克人趕走了克什米爾地區(qū)阿富汗國王,將克什米爾納入錫克帝國的統(tǒng)治范疇。值得一提的是,錫克帝國于19世紀(jì)30年代向處于西藏控制之下的拉達(dá)克地區(qū)進(jìn)軍,彼時的清朝駐藏大臣拒絕發(fā)兵援助,拉達(dá)克地區(qū)就此落入克什米爾統(tǒng)治者的勢力范圍之內(nèi),錫克帝國的擴(kuò)張野心,為后來印度與中巴兩國的邊境沖突,埋下了一顆暗雷。
就在此時,英帝國在印度的殖民影響力日漸深遠(yuǎn),印度在英帝國諸多殖民地中,號稱“英王王冠上最閃亮的明珠”,可見英國對印度的重視程度。在殖民印度之際,英國采取了直接統(tǒng)治與分而治之相結(jié)合的方式,前者即直接將印度視作國王的私產(chǎn),并且派出總督直接管理,后者是在印度拉攏一些王公貴族,建立土邦,直接聽命于英國的統(tǒng)治。而錫克帝國作為一個獨立的地方強(qiáng)國,與英國的殖民利益背道而馳。恰好錫克帝國此時陷入激烈的內(nèi)斗之中,一位名叫古拉伯·辛格(他是一名印度教徒,錫克帝國采用的是宗教寬容政策,并不是印象中的錫克教與印度教極端對立,水火不容)的地方官員,渴望借助英國人的力量,加強(qiáng)自己對所在地區(qū)的控制力。就這樣,英國的東印度公司與古拉伯·辛格里應(yīng)外合,擊敗了錫克帝國,錫克帝國只得承認(rèn)克什米爾地區(qū)的獨立地位。英國人扶持古拉伯·辛格成為克什米爾的大君,確立了查謨和克什米爾土邦的主權(quán)地位。統(tǒng)治克什米爾的大君是印度教徒,但穆斯林人口在這一區(qū)域的占比近八成,大君也習(xí)慣于盤剝底層穆斯林,在這樣的情形之下,克什米爾地區(qū)的宗教與階級矛盾愈演愈烈。