舉例來說，許多藥物以蛋白質(zhì)的合成過程為目標?？股啬茏柚咕o密纏繞的DNA被解包和讀取，阻塞RNA轉(zhuǎn)錄過程，或者關(guān)閉將RNA分子轉(zhuǎn)錄、翻譯為蛋白質(zhì)的分子工廠。在這些情況下，人體細胞中的等同過程由不同形狀的酶完成，并且不具有抗生素進行工作時所需的相同“抓手”——如果一樣的話問題就嚴重了，這些過程的中止對人類細胞來說同樣致命。

細菌的反擊

這是人類與細菌斗爭故事中的進攻部分，但還有防御的部分：細菌具有反擊的傾向。一種簡單的防御方法是在抗生素造成傷害之前將其清除，就像用水泵不斷從地下室抽水，防止被水淹沒一樣。細菌的外排泵會不斷清除抗生素，阻止它們進行工作。一個外排泵可以通過識別和去除幾種不同類型的抗生素來提供多重耐藥性，從而成為難以對付的耐藥機制。

細菌還可以合成新的蛋白質(zhì)，在抗生素發(fā)揮作用之前斷開并解除其功能結(jié)構(gòu)。這個策略最著名的例子或許是某些細菌產(chǎn)生的β-內(nèi)酰胺酶，又稱為盤尼西林酶（penicillinase）。這種新的酶唯一的功能便是打開具有彈性加載的β-內(nèi)酰胺四元環(huán)核心，使其無法作用于細菌的細胞壁。這類蛋白質(zhì)通常對一類抗生素具有高度特異性，不會對其他類型產(chǎn)生作用。我們用來對付這種耐藥機制的方法之一，就是將原有的抗生素與針對新酶的新抗生素打包在一起。

細菌擁有的另一種防御策略是制造能與抗生素結(jié)合的蛋白質(zhì)酶，作為分子“約束衣”，阻止它們抓住目標并使其成為無助的旁觀者。這些酶的工作機制是利用磷?；?、乙?；⒑塑账峄?、糖基或羥基等化學基團與抗生素的關(guān)鍵部分結(jié)合，阻止它們與細菌的目標部位結(jié)合。通常而言，這些酶只對某一抗生素家族起作用，因此交叉耐藥性并不是問題。