1935年11月5日，軍委后方辦事處在瓦窯堡成立，周恩來兼任主任。軍委后方辦事處實(shí)際上就是紅軍的總后勤部，負(fù)責(zé)領(lǐng)導(dǎo)軍委供給部、衛(wèi)生部、兵站部、武裝動(dòng)員部、紅軍學(xué)校、紅一方面軍留守單位和陜北、陜甘(后為陜甘寧)兩省軍事部以及地方武裝，統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)前后方的供給，保衛(wèi)紅一方面軍的后方安全。

1936年12月7日，中華蘇維埃共和國中央政府決定擴(kuò)大中央革命軍事委員會(huì)的組織，由23人組成中革軍委，以毛澤東、朱德、周恩來、張國燾、彭德懷、賀龍、任弼時(shí)等7人組成中革軍委主席團(tuán)，毛澤東任主席，周恩來、張國燾任副主席。

中共中央革命軍事委員會(huì)副主席

1937年7月7日，全國抗日戰(zhàn)爭全面爆發(fā)。為了在新形勢下加強(qiáng)黨對軍隊(duì)的絕對領(lǐng)導(dǎo)，同年8月22日至25日在洛川召開的中共中央政治局?jǐn)U大會(huì)議決定，組成中共中央革命軍事委員會(huì)，作為中共中央領(lǐng)導(dǎo)各抗日根據(jù)地武裝斗爭和軍事建設(shè)的軍事領(lǐng)導(dǎo)機(jī)構(gòu)。其成員由11人組成：毛澤東、周恩來、朱德、彭德懷、任弼時(shí)、葉劍英、張浩、賀龍、劉伯承、徐向前、林彪。毛澤東任書記(亦稱主席)，周恩來、朱德任副書記(亦稱副主席)。

抗戰(zhàn)時(shí)期的周恩來1941年1月20日，中共中央政治局會(huì)議決定：中共中央革命軍事委員會(huì)主席團(tuán)由毛澤東、朱德、彭德懷、周恩來、王稼祥組成。軍委主席團(tuán)實(shí)際上相當(dāng)于軍委常委，由軍委主席、副主席組成(王稼祥1938年11月回國后增補(bǔ)為軍委副主席)，軍委實(shí)際工作由主席團(tuán)辦理。

1943年，周恩來和夫人鄧穎超在延安窯洞前合影。

國民政府軍事委員會(huì)政治部副部長

抗日戰(zhàn)爭時(shí)期，國共兩黨第二次合作。1938年1月，國民政府軍事委員將原大本營第六部、軍事委員會(huì)政訓(xùn)處、訓(xùn)練總監(jiān)部政訓(xùn)處合并成立政治部，任命陳誠為部長，特別邀請周恩來任中將副部長。抗戰(zhàn)期間，周恩來長期在國民政府所在地武漢、重慶進(jìn)行黨的工作和統(tǒng)一戰(zhàn)線工作。

任國民政府軍委會(huì)政治部副部長的周恩來