條例建立了自然岸線保有率管控制度。規(guī)定由福建省政府確定沿海各設(shè)區(qū)的市自然岸線保有率目標任務(wù)，并納入政府績效考核體系，確保福建省自然岸線保有率高于國家下達福建省到2020年大陸自然岸線保有率不得低于37%的要求；福建省政府和沿海各市、縣、區(qū)政府每年開展一次自然岸線保有率統(tǒng)計，并向社會公布統(tǒng)計結(jié)果；沿海設(shè)區(qū)的市政府海洋與漁業(yè)行政主管部門負責劃定自然岸線保護范圍，經(jīng)同級政府批準后向社會公布。

條例在全國率先建立了由海洋與漁業(yè)行政主管部門牽頭的海岸帶綜合管理體制。明確規(guī)定由各級海洋與漁業(yè)行政主管部門負責牽頭綜合協(xié)調(diào)和解決本轄區(qū)海岸帶保護與利用工作中的重大問題，發(fā)改、住建、國土、環(huán)保、林業(yè)等部門按照條例規(guī)定分別負責相應(yīng)管理職責，財政、科技、交通運輸、水利、旅游、海事、文物管理和其他有關(guān)部門各司其職、密切配合。

條例建立了由各級政府主導(dǎo)的海岸帶監(jiān)督管理執(zhí)法聯(lián)合聯(lián)動機制。要求福建省和沿海各市、縣、區(qū)政府要建立海岸帶監(jiān)督管理執(zhí)法聯(lián)合聯(lián)動機制，組織有關(guān)部門制定本轄區(qū)海岸帶監(jiān)督管理年度計劃，按照計劃組織開展工作，組織有關(guān)部門加強海岸帶巡查。條例要求沿海鄉(xiāng)鎮(zhèn)人民政府、街道辦事處要加強海岸帶基層管理隊伍建設(shè)，做好海岸帶保護與利用管理相關(guān)工作，并指導(dǎo)村（居）民委員會配合做好海岸帶管理工作。各級海洋與漁業(yè)行政主管部門要會同國土、環(huán)保等部門加強對公共沙灘使用的監(jiān)督管理。

此外，條例還對公共沙灘的保護和管理、強化對圍海填海的管控、鼓勵海岸帶整治修復(fù)以及陸源污染物排海和漁業(yè)養(yǎng)殖管理等內(nèi)容做了詳細規(guī)定。