不過，發(fā)展到2000年前后，諸多矛盾已經(jīng)開始在民營醫(yī)院身上聚集。

國家對于醫(yī)療機(jī)構(gòu)進(jìn)行分類管理，營利性機(jī)構(gòu)一律參照執(zhí)行企業(yè)財務(wù)制度，并且開始征收營業(yè)稅。這個時期，民營醫(yī)院都是商業(yè)用水、用電、用地，運(yùn)營成本比公立醫(yī)院高出一截。稅率的再增加，使得在公立醫(yī)院和承包科室擠壓下的民營醫(yī)院盈利更加困難。

溫州康寧醫(yī)院成立于1998年，據(jù)《健康報》報道，康寧醫(yī)院的統(tǒng)計顯示，開始幾年所有稅收匯總高達(dá)醫(yī)院營業(yè)額的20%，超過醫(yī)院的毛利。這樣的負(fù)擔(dān)，壓得3位股東“喘不過氣來”。

2005年，溫州市衛(wèi)生經(jīng)濟(jì)學(xué)會完成了5所公立醫(yī)院和7所民營醫(yī)院的稅費(fèi)負(fù)擔(dān)及其實(shí)際承擔(dān)能力的調(diào)查，結(jié)果顯示，公立醫(yī)院的年人均收益比民營醫(yī)院高出5.57萬元。

趙淳發(fā)表在《中國衛(wèi)生產(chǎn)業(yè)》2005年第11期的文章《民營醫(yī)院稅收之我見》中寫道：在溫州，現(xiàn)行的稅費(fèi)總負(fù)擔(dān)已超越了當(dāng)?shù)貭I利性醫(yī)院的實(shí)際承擔(dān)能力……現(xiàn)存民營醫(yī)院將因巨額虧損也會使公立醫(yī)院的改制望而卻步。

民營醫(yī)院人才問題一直是一大困境，不管是過去還是現(xiàn)在。在公立醫(yī)院的人事結(jié)構(gòu)中，醫(yī)生們的職稱、人事關(guān)系都在地方人事局，一旦脫離公立醫(yī)院體系醫(yī)師職稱將無法再進(jìn)行。同樣，退休等等保障體系也將脫離。這成為束縛醫(yī)生們流動最大的因素。民營醫(yī)院的人才來源，部分是公立醫(yī)院退休后老專家的聘請，以及擠不進(jìn)公立醫(yī)院的部分護(hù)士、醫(yī)學(xué)專業(yè)生的雇傭。但這樣的人才結(jié)構(gòu)，以及公立醫(yī)療體系的歷史積攢因素，使得其無法比拼。因此，患者的就診目標(biāo)開始專向公立醫(yī)院。

醫(yī)保政策的實(shí)行，對于民營醫(yī)院來說是一大變局。

2000年，中國拉開城鎮(zhèn)職工醫(yī)保帷幕，國有企業(yè)的職工第一批上了醫(yī)保。在這之前，實(shí)行的是公費(fèi)醫(yī)療，與企業(yè)內(nèi)部解決制度。如國家干部享受公費(fèi)醫(yī)療，廠礦職工的就醫(yī)在本單位的職工醫(yī)院，單位負(fù)責(zé)制。

城鎮(zhèn)職工醫(yī)保首先落地在公立醫(yī)療機(jī)構(gòu)，這一落地幾乎將90%的病患導(dǎo)向了公立醫(yī)院。民營醫(yī)院界詬病，這是一種不平等對待。

據(jù)趙淳介紹，在這個階段中，多重政策夾擊，民營醫(yī)院幾乎沒有利潤，很多民營老板們拆東墻補(bǔ)西墻。很多在東拆西借中就沒有了然后。

“民營醫(yī)院最愁的是沒有病源，一個醫(yī)院的發(fā)展他有病源才能夠有口碑，要慢慢做，這時候得耐得住寂寞，沒有錢的時候投資者得繼續(xù)往里扔錢，繼續(xù)維持。行業(yè)有句話，叫真正做好口碑了，爆發(fā)力是幾何形增長的?！壁w淳稱，凡是挺過來的，現(xiàn)在都活的挺好了。

也就是從這一年，民營醫(yī)院分會開始呼吁，取消民營醫(yī)院營業(yè)稅。這一呼吁便是8年。業(yè)界的估計說，從2000年算起的8年間，誕生的民營醫(yī)院最終有三分之二沒有了后來。剩下的成為今天正規(guī)民營醫(yī)院領(lǐng)域較為有代表性的醫(yī)院。

然而，這一階段的中國醫(yī)療市場矛盾越積越多。由于吸引病患越來越困難，一些民營醫(yī)院逐漸脫離救死扶傷的本職。2000年，衛(wèi)生部下文嚴(yán)禁各級各類醫(yī)療機(jī)構(gòu)將本單位的科室或業(yè)務(wù)用房租借或承包給社會上非醫(yī)務(wù)人員從事醫(yī)療活動。這從一個側(cè)面反映了問題的嚴(yán)重性。

肖正權(quán)稱，2000年叫停公立醫(yī)院承包亂像，“被清理的過程當(dāng)中，國家開了口子，可以辦院，可以自然人申請辦院，這個時間申請辦院?！边@一時期，莆田系辦醫(yī)院迅速發(fā)展。在自然人辦醫(yī)院的同時，2005年左右，部隊醫(yī)院可承包被莆田系發(fā)現(xiàn)。

此時，醫(yī)藥市場的需求也已在爆發(fā)期?！暗搅?001年，雖然政府衛(wèi)生投入明顯增加，但還是難以滿足人們的需求。于是政府又出臺了一系列鼓勵規(guī)范民營醫(yī)院發(fā)展的政策,中小規(guī)模的專科民營醫(yī)療機(jī)構(gòu)繼續(xù)快速發(fā)展，一些規(guī)模較大的綜合民營醫(yī)院開始出現(xiàn)，醫(yī)療服務(wù)市場競爭態(tài)勢日趨激烈，部分民營醫(yī)院真正開始呈現(xiàn)職業(yè)化管理，呈現(xiàn)可持續(xù)發(fā)展的態(tài)勢?！痹颇夏I臟病醫(yī)院院長葛樹森說。