行政管理方面，漓江雖然是國(guó)家AAAAA級(jí)景區(qū)，但它又是一條開(kāi)放性的自然河流，具備適航條件，也是沿岸居民生產(chǎn)生活的重要資源，依照我國(guó)現(xiàn)行管理體制，海事部門(mén)負(fù)責(zé)游船的運(yùn)輸安全，園林部門(mén)負(fù)責(zé)兩岸綠化美化，農(nóng)業(yè)部門(mén)負(fù)責(zé)兩岸農(nóng)業(yè)生產(chǎn)，漁政部門(mén)負(fù)責(zé)水面及流域的漁業(yè)生產(chǎn)，環(huán)保部門(mén)負(fù)責(zé)環(huán)境保護(hù)，市容部門(mén)負(fù)責(zé)衛(wèi)生保潔，旅游部門(mén)通過(guò)景區(qū)服務(wù)標(biāo)準(zhǔn)對(duì)旅游服務(wù)進(jìn)行業(yè)務(wù)指導(dǎo)，安全生產(chǎn)監(jiān)督管理部門(mén)負(fù)責(zé)安全生產(chǎn)，漓江管理局負(fù)責(zé)治安、建設(shè)和保護(hù)，沿岸基層政府管理社會(huì)民生，眾多部門(mén)共同管理漓江，卻在諸多環(huán)節(jié)或者出現(xiàn)管理空檔，或者產(chǎn)生管理重疊，職責(zé)邊界不清，管理效率低下。以市場(chǎng)監(jiān)管為例，近年來(lái)不但投訴較為集中，也發(fā)生了數(shù)次安全事故。要從根本上解決漓江旅游市場(chǎng)秩序問(wèn)題，必須從旅游資源管理一體化入手。目前，桂林市已經(jīng)在著手考慮設(shè)立漓江風(fēng)景名勝區(qū)管理委員會(huì)，并以此為平臺(tái)，將上述相關(guān)部門(mén)的管轄區(qū)讓渡到管委會(huì)手中，實(shí)行統(tǒng)一管理協(xié)調(diào)。新機(jī)構(gòu)設(shè)立后，漓江旅游多頭管理的突出問(wèn)題有望得到較好解決。

經(jīng)營(yíng)機(jī)制方面，目前的漓江景區(qū)仍然實(shí)行1988年確立的“四統(tǒng)一”管理體制，即“統(tǒng)一調(diào)度、統(tǒng)一票價(jià)、統(tǒng)一售票、統(tǒng)一結(jié)算”。當(dāng)年推行“四統(tǒng)一”，是在計(jì)劃經(jīng)濟(jì)條件下，為了有效扼制惡性降價(jià)競(jìng)爭(zhēng)而采取的行政措施，當(dāng)時(shí)也確實(shí)起到了較好的效果，漓江游船企業(yè)效益普遍上升，地方政府也從中獲得較大收益。以2007年為例，漓江主要航線(xiàn)(磨盤(pán)山、竹江碼頭一陽(yáng)朔碼頭)承載游客達(dá)230萬(wàn)人次，地方政府直接獲利2.3億元(不含稅收部分)，各游船企業(yè)也賺得盤(pán)滿(mǎn)缽滿(mǎn)。近年來(lái)，我國(guó)旅游業(yè)迅猛發(fā)展，旅游市場(chǎng)發(fā)生了極大變化，旅游者的需求多樣性日顯突出。在市場(chǎng)格局發(fā)生巨變的情況下，漓江經(jīng)營(yíng)仍然堅(jiān)守“四統(tǒng)一”，已經(jīng)明顯不合時(shí)宜，具體表現(xiàn)有：游船企業(yè)積極性無(wú)法調(diào)動(dòng)，游船服務(wù)嚴(yán)重落后于市場(chǎng)需求，服務(wù)質(zhì)量屢遭投訴。至2013年，漓江主要航線(xiàn)承載游客約為130萬(wàn)次，較2007年下降了約40%，政府收入大幅下降，游船企業(yè)面臨收入減少和成本上升的雙重壓力，更是虧損重重，苦不堪言。由于效益不佳，人才大量流失，服務(wù)質(zhì)量呈現(xiàn)明顯滑坡。2011年，國(guó)家旅游局對(duì)漓江景區(qū)下達(dá)了整改通知書(shū)。雖然地方政府通過(guò)加大基礎(chǔ)投入、嚴(yán)格質(zhì)量監(jiān)督等手段，在規(guī)定時(shí)間內(nèi)完成了整改要求，但漓江旅游發(fā)展的深層次矛盾并沒(méi)有得到切實(shí)解決。